性交疼痛可由生理、器质性疾病引起，也可由社会心理因素引起，社会心理因素起重要作用，主要包括疾病因素和非疾病因素，具体如下：
一、疾病因素：
1、阴道狭窄或萎缩：性交困难是女性阴道萎缩的常见症状；
2、会阴疼痛：国际外阴阴道疾病研究协会将会阴疼痛定义为外阴不适，通常被描述为灼烧痛，可有性交疼痛的表现；
3、子宫内膜异位症：深部子宫内膜异位症可出现性交痛，疼痛的表现为经期严重的周期性非绞窄性盆腔痛、贯穿月经周期的绞窄性盆腔痛、深部性交痛和大便疼痛等；
4、阴道痉挛：性交时阴道和盆底肌肉系统不自主的剧烈而持续的收缩，使勃起的阴茎无法插入，或虽能插入，但在性交时或性交后，阴道口或深部产生疼痛及不舒适；
5、绝经后或切除两侧卵巢的妇女：由于雌激素分泌不足，造成生殖器的萎缩与干涩，出现性效痛；
6、过敏：女性对异性精液及阴茎套过敏引起性交痛。
二、非疾病因素：
1、产后性交困难：初次阴道分娩后，41%的女性在3个月后，以及22%的女性在6个月后会出现性交困难。产后期的性心理问题会导致性兴奋和润滑下降，进一步导致性交困难；
2、心理因素：对待性生活消极、负性情绪、夫妻关系不和谐、女性心理压力大、夫妻间的交流出现障碍或者因为性经验不足等均可引起性交痛。